W momencie lokacji miasta istniał już drewniany kościół parafialny pw. św. Mikołaja. Na miejscu tej świątyni, spalonej w roku 1409 przez Krzyżaków, wzniesiono wyróżniający się wspaniałą gotycką architekturą kościół pw. św. Marcina i Mikołaja.
Budowę Fary zakończono w roku 1502. Jej fundator, Jan Kościelecki, wojewoda inowrocławski, starosta bydgoski i malborski, umieścił w ołtarzu głównym jako wotum za zakończoną wojnę trzynastoletnią, podczas której Bydgoszcz była kwaterą główną Kazimierza Jagiellończyka, obraz Matki Bożej, zwany „Beatissimae Mariae Virginis”.
Obraz przedstawia Najświętszą Maryję Pannę w pozycji stojącej, lewą ręką podtrzymuje Ona Dzieciątko Jezus, w prawej zaś dłoni nieco wzniesionej ukazuje rozwiniętą pąsową różę. U stóp Madonny leży sierp księżyca rogami skierowany ku górze, z lewej strony obrazu tuż przy postaci Matki Bożej znajduje się mała, klęcząca postać mężczyzny w renesansowym płaszczu czerwonego koloru, z modlitewnie złożonymi rękami zwracającego się ku Madonnie. Wokół klęczącej postaci wije się banderola z napisem gotyckimi minuskułami: Mater Dei memento mei. Nad głową Matki Bożej dwaj aniołowie oburącz unoszą koronę. Całe tło obrazu jest złocone modelowanym ornamentem roślinnym Postać Matki Bożej okala mandorla z falistych płomieni. W tym obrazie pisze – dając jego artystyczną ocenę – wybitny znawca sztuki prof. Tadeusz Dobrowolski, że „jest to najpiękniejsza ze wszystkich znanych polskich podobizn Dziewicy”.
W roku 1950 zdjęto obraz z płyty sosnowej naklejono na nową oraz usunięto wszelkie przemalowania, także żaden fragment autentycznego dzieła nie jest zakryty ani zmieniony. Nieliczne brakujące fragmenty zrekonstruowano. Od chwili umieszczenia tego Obrazu w ołtarzu głównym rozpoczął się rozkwit kultu Matki Bożej w tym wizerunku. Mnożą się fundacje i zapisy na rzecz kościoła farnego, ze wskazaniem na pielęgnowanie i rozwijanie kultu maryjnego. Taki stan rzeczy trwał nieprzerwanie do I Wojny Światowej. Po zakończeniu tej wojny naturalnym stanem rzeczy upadły wszystkie kapituły fundacyjne i nie mogło być mowy o kulcie zorganizowanym na sposób dawny. Niemniej kult Matki Bożej w tym Obrazie zaczął przechodzić w nową, bardziej efektywną pod względem duszpasterskim formę. Jest to mianowicie kult charakteryzujący się spontanicznym udziałem wiernych w nabożeństwach parafialnych ku czci Matki Bożej. Po II Wojnie Światowej nastąpiło silniejsze zaakcentowanie czci opisywanego Wizerunku, który coraz częściej zyskuje sobie potoczną nazwę „Obrazu Matki Bożej Bydgoskiej” albo „Matki Bożej z Różą w dłoni”. Sprawozdanie wizytacyjne z roku 1953 nazywa obraz Matki Bożej Bydgoskiej cudami słynącym, a dalej mówi o sobotnich nabożeństwach odprawianych przed tym obrazem o godz. 8 i 19.
Dekretem z dnia 5 czerwca 1952 roku Prymas Polski, Stefan kardynał Wyszyński, Arcybiskup Gnieźnieński i Warszawski, na mocy specjalnych upoważnień Stolicy Apostolskiej, zezwolił na obchodzenie uroczystości patronalnych w święto Macierzyństwa Najświętszej Maryi Panny, udzielając wiernym odpustu zupełnego pod zwykłymi warunkami. Ponadto Prymas Polski dekretem również z 5 czerwca 1952 roku, udzielił przywileju zezwalającego na odprawianie Mszy św. wotywnej o Macierzyństwie Najświętszej Maryi Panny we wszystkie soboty miesiąca, jeżeli nie przypada święto I lub II klasy. Obecnie w każdą sobotę miesiąca o godzinie 12:00 jest odmawiany również różaniec fatimski. Wzrost kultu Matki Bożej w Farze bydgoskiej, jako skutek wymienionych przywilejów i prowadzonej w oparciu o nie pracy duszpasterskiej, daje się zauważyć z roku na rok. W sprawozdaniu przedwizytacyjnym z roku 1959 proboszcz parafii Farnej, ks. kan. Franciszek Hanelt, pisze o gromadnym udziale wiernych w nabożeństwach sobotnich i o duchu maryjnym przenikającym całą parafię.
Historia kultu cudownego wizerunku Matki Bożej w kościele Farnym, byłaby niezupełna, gdyby pominąć dwa momenty rzucające się na przestrzeni wieków szczególnie w oczy. Jednym z nich jest istnienie w Farze bydgoskiej dynamicznie rozwijającego się nieprzerwanie od początku szesnastego wieku ośrodka kultu maryjnego skupionego wokół Obrazu Matki Bożej Bydgoskiej. Drugim jest bogaty zbiór wotów maryjnych – zewnętrzny wyraz łask, jakimi Matka Boża obdzielała wiernych swych czcicieli. Wota te niestety dzisiaj już nie istnieją, gdyż w początkach niewoli Rzeczpospolitej Polskiej, pod koniec XVIII wieku, wraz z innymi precjozami kościoła farnego, ogólnej wartości 220 grzywien, oddane zostały na wsparcie insurekcji kościuszkowskiej. Wota te – biżuteria, klejnoty, wisiory świadczą o bogactwie, jakiego wierni nie szczędzili Matce Najświętszej, by dać wyraz swojemu nabożeństwu do Niej i uczuciom wdzięczności. Ale większą wartość dla kultu mają niewątpliwie inne wota, jakie zawieszali wierni w postaci figur lub obrazków tłoczonych w srebrnej blasze. Wymowne są figury widniejące na wotach. Centralne miejsce zajmowała zwykle Matka Boża, ku której zwracał się człowiek w geście podzięki. Byli to niekiedy rodzice oddający Jej uratowane od śmierci dziecko, innym razem człowiek składający przed Maryją w symbolicznym geście uzdrowioną rękę lub nogę. Istniało wotum zawierające insygnia miejskie, co oznaczało oddanie się miasta pod opiekę Matki Bożej. Wota w czasach najnowszych są nadal składane ku czci Matki Bożej, nie mają one już tej zabytkowej wartości co dawne, są jednak liczniejsze i stanowią potwierdzenie stale wzrastającego kultu maryjnego.
Istnieją w Farze bydgoskiej pewne odrębności kultu maryjnego, mające z woli Prymasa Polski podkreślać wyjątkowy, uświęcony tradycją stuleci kult Matki Bożej Bydgoskiej. Pierwszym krokiem w tym kierunku było polecenie Księdza Prymasa, by w roku nowenny poświęconej rodzicom katolickim we wszystkie święta maryjne roku kościelnego odprawiano przed ołtarzem Matki Bożej Bydgoskiej Msze św. w intencji rodzin katolickich i głoszono Słowo Boże. Ta tradycja jest ściśle zachowywana i została wzbogacona o uroczyste Msze św. w każdą pierwszą środę miesiąca w intencji poszanowania życia dzieci nienarodzonych. Dnia 29 maja roku 1966 obecności wielu biskupów, duchowieństwa i ludu Bożego, Prymas Polski Stefan Kardynał Wyszyński z okazji podwójnego jubileuszu 500-lecia intronizacji obrazu w bydgoskiej Farze i 1000-lecia chrześcijaństwa w Polsce, dokonał uroczystej koronacji obrazu Matki Bożej. Nakładając na skronie Madonny korony powiedział „Spod serca wybranej Matki, miłość ojcowa ludzkimi drogami przychodzi na świat. Przez Maryje za sprawą ducha miłości Ojciec dał światu umiłowanego swojego Syna. Tak Bóg umiłował świat. Maryja Rodzicielka staje sil Matki pięknej, najpiękniejszej miłości. Ojciec swoje miłość – Syna, umieścił pod sercem Maryi, a Ona tego Syna umiłowania Ojcowego dała nam, jako znak wielkiej miłości Ojca ku nam wszystkim. Matka Pięknej Miłości to znaczy miłości aż takiej, jaką ma Ojciec ku Synowi i jaką Syn od Ojca ku wszystkim dzieciom Bożym”.
Bł. Michał Kozal, biskup, męczennik (1893-1943). Urodził się w 1893 roku w rodzinie chłopskiej, w Nowym Folwarku pod Krotoszynem. Wyświęcony na kapłana (1918), pracował jako wikariusz, katecheta w Bydgoszczy, ojciec duchowny, a następnie rektor seminarium duchownego w Gnieźnie. 12 czerwca 1939 roku mianowany biskupem pomocniczym we Włocławku. 7 listopada tegoż roku wraz z duchowieństwem został aresztowany przez Niemców i osadzony w więzieniu włocławskim. Następnie internowany w Lądzie nad Wartą. W kwietniu 1941 wywieziony do obozu koncentracyjnego w Dachau. Tam wspomagał towarzyszy niedoli i podtrzymywał ich na duchu. Pielęgnując chorych zachorował na tyfus. Zmarł 26 stycznia 1943 roku zabity śmiercionośnym zastrzykiem.
„Niech będzie on jeszcze jednym patronem naszych trudnych czasów, pełnych napięcia, nieprzyjaźni i konfliktów. Niech będzie wobec współczesnych i przyszłych pokoleń świadkiem tego, jak wielka jest moc łaski Pana naszego Jezusa Chrystusa – Tego, który do końca umiłował” – mówił Ojciec Święty Jan Paweł II, ogłaszając w roku 1987 biskupa Michała Kozala błogosławionym. Dzień Patrona obchodzony jest w diecezji 14 czerwca.
W jednym z kazań Michał Kozal mówił: „Prawdziwą wielkość człowieka mierzy się miarą jego zjednoczenia z Bogiem, mierzy się jego umiejętnością i gorliwością wykonywania planów Bożych. Obiektywnie najwięcej znaczy ten, który nosi w sobie życie Boże i potrafi to życie budzić w innych i doprowadzać do pełnego rozwoju. Wobec tej prawdy nie może ulegać wątpliwości, że kapłan Chrystusowy mocą swego powołania i swej godności kapłańskiej wyrasta ponad zwykłych ludzi, bo Bóg powierza mu najważniejsze zadanie i w tym celu dopuszcza go do najściślejszego zjednoczenia z sobą”.
W ikonografii bł. Michał przedstawiany jest w stroju biskupim lub w pasiaku więziennym. Jego atrybutami są: mitra, fioletowy trójkąt i numer obozowy 24544.